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O microfitobentos é constituído principalmente por diatomáceas, além de fitoflagelados e cianobactérias, distribuindo-se de forma heterogênea no sedimento exposto à luminosidade. Para o presente estudo, foram coletadas amostras em três transectos, iniciados dentro das enseadas do Flamengo, da Fortaleza e do Mar Virado, com seis pontos cada (isóbatas de 5, 10, 15, 20, 25 e 30 metros). Portanto, o objetivo deste estudo foi avaliar a distribuição espacial da biomassa microfitobentônica no perfil batimétrico da região de Ubatuba (SP, Brasil).