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La Leptospirosis es un problema de salud pública a nivel mundial y puede ser causado por más de 250 serovares de Leptospira. Tradicionalmente, la Prueba de Microaglutinación (MAT) y la Prueba de Aglutinación Cruzada y Absorción (CAAT) son utilizadas para identificar leptospiras, no obstante estas técnicas serológicas son laboriosas y consumen mucho tiempo, además de requerir el mantenimiento de una colección de más de 200 cepas de referencia y sus respectivos antisueros. La Electroforesis en Gel de Campo Pulsado (PFGE) es una técnica molecular alternativa y es considerada el "gold standard" para la genotificación de microorganismos. PFGE es, además, una herramienta epidemiológica que permite evidenciar relaciones genéticas entre aislamientos y contribuye en la vigilancia e investigación de brotes. El objetivo de este estudio fue caracterizar, mediante la técnica de PFGE, 111 aislamientos de Leptospira spp. obtenidos en Perú en el periodo 2002-2010. Para dicho fin, previamente se estandarizó un protocolo de PFGE, se elaboró una base de datos con patrones de PFGE de cepas referenciales y se generaron los patrones para cada uno de los aislamientos.