Der 17-jährige Shinichi Kudo ist ein intelligenter Bursche, der
durch seine Feinde ein Zellgift verabreicht bekommt, das ihm das
Aussehen eines 6-Jährigen verleiht. Doch dieses Manko hält ihn
nicht davon ab, weiterhin als genialer Privatdetektiv tätig zu sein
und stetig nach den mysteriösen Männern in Schwarz zu suchen, die
ihn als einzige wieder zurück verwandeln können. Als treuen
Gefährten an seiner Seite hat der Junge den Professor Agasa, der
Conan, ähnlich wie Q James Bond, immer mit den neuesten technischen
Spielereien versorgt.
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Conan und seine Freunde machen Ferien auf der bezaubernden
Pazifikinsel Koumijima. Dort begegnen sie einer Gruppe finster
wirkender Schatzjäger, die auf der Suche nach einem versunkenen
Palast sind, der sich vor der Insel befinden soll. Während die
Detective Boys zum Zeitvertreib an einer Quiz-Schatzsuche
teilnehmen, gehen Sonoko und Ran tauchen und werden dabei Zeuge,
wie einige der Schatzjäger von einem Hai attackiert werden. Einer
von ihnen stirbt an den Folgen des Angriffs. Conan und Haibara
beginnen schnell zu bezweifeln, dass es bei diesem Angriff mit
rechten Dingen zugegangen ist und beginnen auf eigene Faust zu
ermitteln. Was steckt wirklich hinter dem Tod des Schatzjägers -
und vor allem: Wo befindet sich der geheimnisvolle Palast ...?