Otonashi wacht ohne Gedächtnis in einer ihm fremden Welt auf, die
einem Schulgelände gleicht. Er trifft auf Yuri, die ihm erklärt,
dass alle Jugendlichen, die sich in dieser Welt befinden, tot
seien. Alle verweilten eine Zeit lang in dieser Zwischenwelt bis
sie sich den Regeln anpassten und für immer verschwänden. Yuri
führt deshalb die Organisation "Shinda Sekai Sensen",
eine Untergrundorganisation, die gegen dieses Schicksal und damit
letztendlich gegen den Willen Gottes kämpft. Ihre mächtige Gegnerin
ist der mysteriöse Engel Tenshi. Mit ihren außergewöhnlichen
Kräften versucht Tenshi, den Widerstand der Rebellen zu brechen.
Auch Otonashi schließt sich der "SSS" an.
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Als der Junge Otonashi eines Tages auf dem Gelände einer ihm
unbekannten Schule aufwacht, kann er sich nicht erklären, wie er
hierher gelangt ist. Dass ihm ein Mädchen gegenüber steht, das eine
Waffe in der Hand hält, und er keine Erinnerung an sein bisheriges
Leben hat, sorgt in dieser unangenehmen Situation für zusätzlich
Unbehagen. Doch das Mädchen namens Yuri ist Otonashi gegenüber
freundlich und erklärt ihm, was Sache ist: Otonashi ist gestorben
und befindet sich nun in einer Welt zwischen Leben und Tod, in der
verstorbene Jugendliche von Tenshi, einer mysteriösen Dienerin
Gottes, terrorisiert werden. Als Otonashi von der Existenz der
Untergrundorganisation "Shinda Sekai Sensen" erfährt,
tritt er der Gruppe bei um gemeinsam mit den anderen Mitgliedern
gegen die böse Herrscherin zu kämpfen. Doch wie ist Otonashis
irdische Vergangenheit mit den Geschehnissen in der Zwischenwelt
verknüpft? Und warum will er nicht von dem Gedanken ablassen, dass
die mysteriöse Toshi ein ganz gewöhnliches Mädchen wäre?